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黒沼家の分家筋にあたる白葉家はオシラサマのいる神社だ。33年に一度の特殊な儀式を見守るために、オカ研部長とその従弟である黒沼コンビが山深い白良馬村へ向かう。白葉家の本家は、娘が失踪し、長男は警察沙汰になっていた。一方、オカ研には、ある学生が相談に来ていた。

フランスののどかな小村・セレ村にある聖マリー教会から、バチカンに奇跡申請が寄せられる。山の洞穴に祀られた聖母像を礼拝している最中、「鳴ると奇跡が起こる」との言い伝えがある舌（ぜつ）のない鐘が鳴り、青い鳥が福音を告げ、全盲の少女・ファンターヌの目が見えるようになったというのだ。

バチカン美術館の絵画の前にマリア様が現れて預言をするらしい――新たに取り組むことになった奇跡調査の内容に拍子抜けする平賀とロベルト。だが預言の噂はやがて、世界を混乱に陥れる事態となり……!?

イタリアの小さな村に「蜘蛛男」が出没。壁を這って移動し、車に貼りつくなど、人間ではありえない動きをするらしい。噂を聞きつけた平賀は、ロベルトと共に調査旅行へ。

キルギスの国際空港に旅客機が緊急着陸する。機長は、上空に「天使達」が現れ、墜落寸前から奇跡の生還へ導いたと話す。また同じ夜、首都郊外の教会で巨大キリスト像が動き出し、空港の方を向いて止まったという。

奇跡調査官の平賀とロベルトは、FBI捜査官ビルから結婚式の司祭を頼まれる。相手は任務のため偽装婚約中の工作員エリザベート。驚きつつも2人はアメリカへ向かうことに。一方ビルとエリザベートは世界的大スター、ゾーイと、エキゾチックな若き牧師アダムと偶然知り合う。

オランダ・ユトレヒトの小さな教会からバチカンに奇跡の申告が。礼拝堂に主が降り立って黄金の足跡を残し、聖体祭の夜には輝く光の球が現れ、司祭に町の未来を告げたという。奇跡調査官の平賀とロベルトは現地で聞き取りを開始する。