Under rejsen til Norge i 1599 kommer den unge Kong Christian 4. til Vardø, tvillingerigets nordligste forpost mod Rusland. Her i udmarken møder han den smukke Aona Nordfra - sytten år og klog kone eller shaman. 

Med hjælp fra sine hoffolk tager Christian sig tilrette og voldtager pigen. Men trold kan ikke tæmmes, og hændelsen forfølger kongen resten af hans liv. Aona flygter sydpå. På en af øerne ved Lofoten føder hun - og må efterlade barnet i tilfældighedernes varetægt. 

Erla hedder hun, romanens tredje hovedperson, med navn efter den lille fugl vipstjerten. Stærkt og farverigt oprulles historien for lytteren. Vi præsenteres for renæssancemennesket Christian 4. Erling Pedersens indlevede skildring tegner både historiens højdepunkter og de mest intime detaljer. 

Vi følger kongen på hans rastløse færd, i København og London, som bygherre og ægtemand, dog mest rundt i Norge i hans bestræbelser på at sikre landet mod de tre hovedfjender: svenskerne, katolikkerne og heksene eller troldfolket. Særlig trolderiet volder ham problemer. Mindet om pigen fra nord er hans hemmelige lyst og længsel, livsdrømmen, men også det ustyrlige. Og både den stærke natur og de overnaturlige kræfter slider på Christian - og hans riger. 

"Kongens mærke" er en stor historisk roman, central ien danmarkshistorisk optik og overraskende i sin skildring af kærligheden, der overvinder alt - da mor og datter, Aona og Erlaforenes, lænket til hinanden i Akerhus fæstningens sorteste fangehul.