¿Una escuela llena de monstruos... y Scooby como maestro? En esta aventura clásica, Scooby-Doo y Shaggy aceptan un trabajo en una escuela muy peculiar: ¡sus alumnas son hijas de vampiros, momias y hombres lobo! Pero cuando una fuerza oscura amenaza con destruir la escuela, nuestros héroes deberán enfrentarse a sus miedos y salvar a sus adorables alumnas monstruosas. ¿Podrán resolver el misterio antes de que sea demasiado tarde?

La película comienza con la pandilla de Misterio Inc. Scooby-Doo, Shaggy, Fred, Daphne y Velma viajando por el desierto de Roswell, Nuevo México. La Mystery Machine se avería cerca de una instalación gubernamental sospechosa, lo que los lleva a hospedarse en un pequeño pueblo cercano. Desde el primer momento, extrañas luces en el cielo y rumores de actividad extraterrestre despiertan la curiosidad del grupo.

Es la segunda de las primeras cuatro películas de Scooby Doo directo a video animadas en el extranjero por el estudio de animación japonés Mook Animation.

La trama involucra a Misterio a la Orden viajando a una ciudadde Nueva Inglaterra llamada Oakhaven después de ser invitado por el escritor de terror Ben Ravencroft. Al igual que una serie de películas animadas de Scooby-Doo directo a vídeo lanzadas a fines de la década de 1990 y principios de la de 2000, El Fantasma de la Bruja se considera una de las películas más oscuras de la franquicia