Par son titre même, le Traité théologico-politique pose la question du trait d'union entre la théologie et la politique, c'est-à-dire entre la religion et l'État. C'est dans la Lettre 30 à Oldenburg que Spinoza donne les trois raisons qui l'ont amené à problématiser dans ce traité le rapport entre théologie et politique.

Tout d'abord, il s'agit de réfuter les préjugés des théologiens, ces hommes d'Église qui exigent la seule croyance, une foi dogmatique, incompatible avec une liberté de penser dont la raison examinerait les dogmes. Cela tend alors naturellement à la superstition, puisque les hommes renoncent à savoir pour croire, et cette superstition est en outre l'instrument politique du Prince pour maintenir les hommes sous son joug. Puis, il s'agit pour l'auteur de contrer l'accusation d'athéisme. Or, le Traité théologico-politique est certes le dernier livre publié par Spinoza de son vivant, mais il le fut sous le couvert de l'anonymat en 1670. Un an plus tard, il était censuré et fut lu clandestinement dans toute l'Europe. Enfin, l'auteur entend défendre la « liberté de philosopher » au sens large d'une liberté de penser contre les autorités théologique et politique.

La liberté est-elle compatible avec la théologie et la politique ? Et sous quel mode faut-il penser cette compatibilité ? Faut‑il subordonner ou séparer la philosophie de la théologie et de la politique ? L'État doit‑il être laïque ?