Erik bliver født i 1930 på et mødrehjem i København. Hans mor, Gudrun, er kun 18 år, og Gudruns graviditet vækker skandale i Aalborg, for faren viser sig at være kineser. Gudrun er tvunget til at give barnet fra sig kort efter fødslen, men tager siden arbejde på det asyl, hvor Erik bor, uden at fortælle nogen, hvem hun er. Da hun flere år senere bliver gift med Alfred, henter de drengen hjem.

Eriks far er den 47-årige kinesiske tryllekunstner Lai Fun, som kom til København i 1902 og blev udstillet i Tivoli. Men Lai Fun vil ikke vedkende sig faderskabet, for han er allerede gift med Agnete og bor i en taglejlighed i Istedgade.

Erik vokser op med en klar bevidsthed om at være anderledes, øjnene, hårets og hudens farve stempler ham i skolegården og på gaden, hvor hans egen bedstefar ikke vil hilse på ham, når andre kan se dem. Men Erik beslutter sig for at vende sin fortid ryggen og skabe sig et nyt liv. Da han er blevet voksen, er udlært elektriker og har fundet sammen med Kirsten, vælger han, at hans datter, Nete, ikke skal vide noget om hans baggrund.

Først da Nete bliver voksen, får hun kendskab til historien om sin kinesiske farfar. Mens Netes far skammer sig forfærdeligt over sit ophav, ser Nete det kinesiske islæt som en positiv tilføjelse til sin familiehistorie, og som en vej til at nærme sig sin far. I sommeren 2001 tager hun til Kina sammen med sønnen Andreas, og hun får et indtryk af, hvor fremmed og uigennemtrængeligt Danmark må have fremtonet for en kineser i 1902.

"I dine øjne" er en stor fortælling om den dansk-kinesiske Erik og hans families liv gennem hundrede år i Danmark. Om vores skiftende opfattelser af identitet, af etniske tilhørsforhold og vores længsel efter at høre til, i en familie, i et fællesskab, i et land.