Milano, 1496. Leonardo da Vinci ha atteso con ansia quel primo incontro con frate Luca Pacioli, allievo di Piero della Francesca e illustre matematico. Entrato nella cella del frate nel monastero che lo ospita, nell'attesa che questi arrivi, Leonardo si sofferma su un dipinto che ritrae lo studioso. Un insieme di allegorie e di richiami alla geometria euclidea che lo colpisce infinitamente: di certo è stato il frate a scegliere ogni dettaglio.

Per Leonardo, da sempre interessato a ogni branca del sapere, la matematica, il cui studio gli era stato precluso, rimane la regina di ogni scienza. Proprio per questo aveva chiesto all'ambasciatore milanese a Venezia di invitare il francescano a Milano. Da lui, potrà finalmente apprendere quel sapere.

L'incontro tra i due uomini, però, viene funestato dalla morte del vicino di cella di Pacioli, un sedicente frate, in realtà un ladro, reo di aver trafugato degli antichi testi bizantini giunti in Italia in seguito alla rovinosa crociata in Morea condotta da Sigismondo Pandolfo Malatesta. Quei volumi, scomparsi insieme all'assassino, sono di grandissimo interesse anche per Leonardo e per Pacioli. Insieme, da Milano a Venezia, da Firenze a Urbino, attraversando un'Italia ormai al tramonto della felice epoca pacifica e indipendente di Lorenzo dei Medici, degli Sforza e dei Montefeltro, i due si metteranno sulle tracce dell'assassino e dei testi rubati, e Leonardo scoprirà l'enigma nascosto nel quadro che raffigura Pacioli.